Arrêt maladie en ALD non exonérante : l’indemnisation limitée à un an à partir du 15 octobre 2026

À partir du jeudi 15 octobre 2026, les arrêts de travail liés à une affection de longue durée dite « non exonérante » ne pourront plus être indemnisés que pendant un an au maximum, contre trois ans jusqu’ici. La mesure découle de deux décrets du 16 septembre 2026 et concerne les salariés du privé comme les indépendants et les fonctionnaires. Les malades dont l’affection ouvre droit à une prise en charge à 100 % ne sont pas touchés. Voici qui est concerné, ce qui se passe pour les arrêts déjà en cours et les démarches à anticiper.

Ce que changent les décrets du 16 septembre 2026

Deux textes publiés au Journal officiel, le décret n° 2026-866 et le décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026, réduisent la durée maximale dite « dérogatoire » d’indemnisation des arrêts de travail. Jusqu’à présent, une personne atteinte d’une affection de longue durée pouvait percevoir des indemnités journalières pendant trois ans au titre de cette affection. Pour une partie de ces malades, cette durée est ramenée à un an à compter du 15 octobre 2026.

Service-public.fr a présenté la mesure dans une actualité mise en ligne le 24 septembre 2026, et le Code du travail numérique du ministère du Travail y consacre également une fiche. Le premier décret vise les assurés du régime général, du régime agricole ainsi que les clercs et employés de notaire. Le second étend la même règle aux travailleurs indépendants, aux ministres des cultes, aux fonctionnaires de l’État et aux magistrats.

Autre nouveauté de ces textes, l’Assurance maladie peut depuis le 19 septembre 2026 sanctionner les assurés qui obtiennent un arrêt de travail sans justification médicale, selon le Code du travail numérique.

Qu’est-ce qu’une ALD non exonérante ?

Toutes les affections de longue durée ne se ressemblent pas. L’Assurance maladie distingue deux grandes familles.

• Les ALD exonérantes, dont les soins liés à la maladie sont remboursés au taux maximal, sans ticket modérateur. On y trouve les affections de la liste dite ALD 30, comme le diabète de type 1 et de type 2, l’insuffisance cardiaque, la sclérose en plaques, la maladie de Parkinson, les cancers ou certaines maladies respiratoires chroniques sévères.
• Les ALD non exonérantes, dont les soins sont remboursés aux taux habituels. Selon ameli.fr, ce statut est reconnu lorsqu’une affection impose un arrêt de travail ou des soins d’une durée prévisible supérieure à six mois, sans pour autant ouvrir droit au remboursement à 100 %.

Les exemples cités par plusieurs médias spécialisés, dont Selectra et LegalPlace, donnent une idée des situations visées, comme une fracture de l’épaule compliquée d’une infection ou un syndrome dépressif consécutif à un deuil. C’est le médecin qui établit le protocole de soins et l’Assurance maladie qui reconnaît l’ALD. Le statut exact figure sur ce protocole, et le médecin traitant peut le préciser à son patient.

Qui est concerné par la limitation à un an ?

La nouvelle durée maximale d’un an s’applique aux personnes en arrêt de travail au titre d’une ALD non exonérante, quel que soit leur statut professionnel. Sont donc concernés les salariés du secteur privé, les salariés agricoles, les travailleurs indépendants, les fonctionnaires de l’État et les magistrats.

Les personnes en arrêt pour une ALD exonérante conservent la durée maximale de trois ans. Un salarié en arrêt pour un cancer continue donc de relever de l’ancien plafond, alors qu’un salarié en arrêt prolongé pour une dépression reconnue en ALD non exonérante passe au nouveau plafond d’un an.

Le décret encadre aussi les rechutes. Pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation d’un an au titre de la même maladie, l’assuré devra avoir repris le travail pendant au moins un an, précise Service-public.fr.

Arrêts en cours, qui garde les trois ans ?

C’est la question que se posent de nombreux salariés déjà arrêtés. Le décret prévoit un régime transitoire en trois cas.

• Les arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026 relèvent immédiatement de la nouvelle règle.
• Les arrêts déjà en cours qui atteignent six mois de durée après le 15 octobre 2026 basculent eux aussi dans la limite d’un an.
• Les personnes qui sont déjà en arrêt depuis plus de six mois au 15 octobre 2026 conservent le droit à la durée maximale de trois ans.

Concrètement, un salarié arrêté depuis le mois de mars 2026 au titre d’une ALD non exonérante a dépassé six mois d’arrêt à la mi-octobre et garde l’ancien régime. Un salarié arrêté depuis le mois de juillet 2026 n’atteindra six mois qu’en janvier 2027, après l’entrée en vigueur, et se verra appliquer la limite d’un an.

Comment fonctionnent les indemnités journalières d’un arrêt maladie ?

Le décret ne modifie pas le calcul des indemnités, seulement leur durée. Pour un salarié, l’indemnité journalière versée par l’Assurance maladie correspond à la moitié du salaire journalier de base, calculé sur les trois derniers mois de salaire. Selon ameli.fr, elle est plafonnée à 42,97 euros bruts par jour pour les arrêts prescrits à compter de juillet 2026. Un délai de carence de trois jours s’applique, sauf exceptions prévues notamment pour les affections de longue durée.

Pour les arrêts classiques, hors ALD, la règle générale reste inchangée. Un salarié peut percevoir au maximum 360 indemnités journalières sur une période de trois ans. Les indemnités sont soumises à la CSG, à la CRDS et à l’impôt sur le revenu, à l’exception de celles versées pour une ALD exonérante.

L’indemnité de la Sécurité sociale peut être complétée par un complément de salaire versé par l’employeur, dans les conditions prévues par le Code du travail ou la convention collective, et par un éventuel contrat de prévoyance.

Que se passe-t-il au bout d’un an d’arrêt ?

Lorsque la durée maximale est atteinte, les indemnités journalières de l’Assurance maladie cessent d’être versées. Plusieurs issues sont alors possibles, que les médias spécialisés résument ainsi.

• La reprise du travail.
• La reconnaissance d’une invalidité, qui peut ouvrir droit à une pension d’invalidité versée par l’Assurance maladie lorsque la capacité de travail est durablement réduite, sous conditions d’âge et d’affiliation.
• La prise en charge par un contrat de prévoyance, individuel ou d’entreprise, s’il prévoit le versement de rentes ou d’indemnités au-delà de celles de la Sécurité sociale.

Sans reprise, sans invalidité reconnue et sans prévoyance, l’assuré ne perçoit plus d’indemnités journalières de la Sécurité sociale. C’est pour cette raison que la date du 15 octobre 2026 mérite d’être anticipée par les personnes concernées.

Les démarches à anticiper avant le 15 octobre 2026

Quelques réflexes permettent de savoir où l’on en est et de préparer la suite.

• Demander à son médecin traitant si son affection est reconnue en ALD exonérante ou non exonérante, et à quelle date l’arrêt a débuté.
• Interroger sa caisse d’Assurance maladie par écrit pour connaître la durée d’indemnisation applicable à son dossier, comme le conseille Selectra.
• Relire son contrat de prévoyance, qu’il soit souscrit à titre individuel ou par l’employeur, pour savoir à partir de quand et pendant combien de temps il prend le relais.
• Contacter le service des ressources humaines pour faire le point sur le maintien de salaire prévu par la convention collective.

Les employeurs ont eux aussi intérêt à regarder de près leurs contrats de prévoyance collective, souligne LegalPlace, afin de savoir comment ils couvrent la période qui suit la fin des indemnités de la Sécurité sociale. Les dirigeants assimilés salariés, comme les présidents de SAS, sont soumis à la même règle.

Si votre arrêt est lié à un épuisement professionnel, notre dossier sur le burn-out, ses symptômes et vos droits détaille les démarches possibles. Pour évaluer ce que votre complémentaire santé couvre, notre article sur le tarif d’une mutuelle santé présente les garanties à comparer. Enfin, le relèvement des franchises médicales au 1er octobre est détaillé dans notre article sur ce qui change le 1er octobre 2026 pour votre budget.

Questions fréquentes sur la limitation des arrêts maladie en ALD

À partir de quand les arrêts en ALD non exonérante sont-ils limités à un an ?

La règle s’applique à compter du 15 octobre 2026, pour les arrêts prescrits à partir de cette date et pour les arrêts en cours qui atteignent six mois après cette date.

Les personnes atteintes d’un cancer sont-elles concernées ?

Non. Les cancers font partie des ALD exonérantes, prises en charge à 100 %. Les arrêts liés à ces affections restent indemnisables pendant trois ans au maximum.

Je suis en arrêt depuis plus de six mois, mes indemnités vont-elles s’arrêter ?

Non, si votre arrêt dépasse déjà six mois au 15 octobre 2026. Dans ce cas, vous conservez le droit à la durée maximale de trois ans prévue par l’ancienne règle.

Les fonctionnaires et les indépendants sont-ils concernés ?

Oui. Le décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 applique la même limite d’un an aux travailleurs indépendants, aux fonctionnaires de l’État, aux magistrats et aux ministres des cultes.

Peut-on bénéficier d’une nouvelle année d’indemnisation pour la même maladie ?

Oui, à condition d’avoir repris le travail pendant au moins un an avant le nouvel arrêt.

Sources

• Service-public.fr, Arrêts maladie, baisse de la durée d’indemnisation de certains arrêts longs (24 septembre 2026)
• Code du travail numérique, Indemnisation en cas d’arrêt maladie, ce qui change au 15 octobre 2026
• Le Monde du droit, Arrêt de travail, réduction de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation (18 septembre 2026)
• Ameli.fr, Affection de longue durée
• Ameli.fr, Indemnités journalières en cas d’arrêt maladie
• Selectra, Arrêt maladie, vos indemnités réduites de 3 ans à 1 an dès le 15 octobre (23 septembre 2026)
• LegalPlace, Arrêt long, indemnisation réduite à 1 an dès octobre 2026 (18 septembre 2026)